철도공사가 경영평가에서 꼴찌를 하였다. 기획예산처는 이번 경영평가 항목에서 인건비 과다인상, 방만한 경영 관련 사항과 여성채용, 균형인사, 중소기업 제품 공동구매, 정부권장정책 이행, 이사회 운영실태, 사회적 책임 및 책임경영체제 등을 주요하게 평가한 것으로 알려지고 있다.
그러나 실제로 1위를 한 토지공사의 경우 전 직원의 연봉제 및 임금피크제를 도입한 것이 높은 점수를 받았다.

또한 3위를 한 도로공사의 경우 인력감축이 높은 점수를 받았다. 결국 기획예산처의 경영평가에서 기준은 구조조정을 얼마만큼 잘 했느냐 하는 것이 목적으로 드러나고 있는 것이다.
철도공사의 경우 최하위의 원인은 공사로의 전환으로 인한 시스템 정비가 미흡 한 것과 자회사의 방만한 운영이 포함되어 있다.

이러한 기획예산처의 경영평가는 많은 문제점이 도사리고 있다. 실제로 철도공사 의 경우 생산성 향상 및 경영혁신 노력이 상당히 진전되어 있는 것으로 알려지고 있다. 공사로의 전환으로 인한 시스템 미비가 경영평가 항목이라면 이는 공정하지 못한 것이다.

방만한 자회사 운영은 철도공사가 책임을 면하기 어려운 부분이다. 그동안 노동조합은 방만한 자회사 운영의 문제점을 수없이 지적하였다. 또한 각 언론들에 의해 철도공사의 자회사 운영은 퇴직관료의 자리보전수단이라는 비판이 끊임없이 제기된 사항이다.